Pasos.
1. Copiar id_rsa.pub en la carpeta del File List del Mikrotik
2. En la Terminal del Mikrotik
/user ssh-keys/import public-key-file=id_rsa.pub user=AlgúnUsuario
3. Ahora usando ssh (o putty)
$ ssh AlgúnUsuario@laIpdelMikrotik
Sencillo...
Fuentes:
https://help.mikrotik.com/docs/display/ROS/SSH
https://www.youtube.com/watch?v=8tt7fSvdFRM
